内设4个科室：

协助局领导处理机关日常工作,负责机关文秘、机要、保密、档案、信息、人事、劳资、机构编制等工作；指导执行环境保护各项法律法规。组织环境保护执法检查、行政复议和应诉工作；负责全盟环境保护规划、统计、信息和本局各项资金和国有资产管理，并处理日常财务；编制全盟环境保护规划、计划、负责环保专项规划、计划的审核和报批。

组织协调环境保护科学研究和技术引进；组织环境保护科技攻关和技术示范工程，管理环境保护科技成果和环境监测；执行环境保护行业标准；组织推行环境管理体系和环境标志认证，组织实施环境保护资质认可制度；组织审定环境功能区划；组织发布城乡环境质量状况；指导和推动全盟环境保护产业发展。

负责实施全盟排污申报登记与排污许可证、污染源限期治理达标工作，并指导全盟环境监理工作；负责环境保护设施运行情况和污染源达标排放的管理及排污口规范化管理和征收排污费工作，负责环境综合整治定量考核工作；调查处理较大事故；参与审查工业建设项目的环境影响评价报告书(表)；负责全盟辐射管理工作；参与环境保护执法检查；组织实施重大开发建设活动环境影响评价、“三同时”等各项环境管理；组织开展环境保护法律、法规的执法检查，指导和协调解决环境问题。

负责全盟生态功能保护区和生物安全管理工作；组织编制全盟自然生态保护规划、自然保护区规划、农村牧区环境保护规划，指导全盟生态示范区建设；负责盟级自然保护区评审，提出新建各类盟级自然保护区的审批意见和国家级自然保护区、自治区级自然保护区申报意见；监督检查各类自然保护区和生物多样性保护、野生动植物保护，监督自然资源开发利用中生态环境保护；参与审查自然资源开发建设项目、乡镇企业建设项目环境影响报告书(表)和环境影响评价。